敦煌遺書為中國國家圖書館四大專藏之一，歷來倍受重視，在妥爲珍藏的基礎上，進行了長期的整理、修復與編目，並對研究者開放閱覽。這些對推動敦煌學的發展起到了積極而重要的作用。
在敦煌遺書入藏之初，中國國家圖書館即派專人負責，整理編目，約於1912年編撰完成《敦煌石室經卷總目》，著錄8679號敦煌文獻。1922年陳垣先生在《敦煌石室經卷總目》基礎上主持編撰分類編目《敦煌劫餘錄》，1931年3月作爲中央研究院歷史語言研究所專刊第四種出版，著錄8653號。1929年成立的寫經組，負責編撰館藏敦煌文獻目錄，至1935年完成具有較高學術價值的《敦煌石室寫經詳目》及《續編》，惜其生不逢時，遭遇兵荒馬亂的戰爭年代，未能及時面世。1981年7月，善本組將新字號部分整理編目，完成《敦煌劫餘錄續編》，著錄1065號。1990年，在館長任繼愈先生親自主持下，《國家圖書館藏敦煌遺書》的編纂工作正式啓動，在一兩年內將由北京圖書館出版社全部出版。
敦煌遺書已有一千年以上的歷史，不少卷子被泥土掩埋、油污、水浸後，變得脆硬、糟朽。中國國家圖書館敦煌遺書修復工作始於1991年，學者和修復人員認真總結了前人及海內外有關單位修復敦煌遺書的經驗教訓，經國內外專家研究論證，確定了本館的修復方針。從1990年以來，國家圖書館善本特藏修復中心修復敦煌遺書5000余米，解決了一個個的技術難題。修復的敦煌遺書美觀大方，保留了研究資料，深受各界好評。
1910年，敦煌遺書入藏京師圖書館。1936年，爲防止這批珍寶被日本帝國主義劫奪或受到戰爭的破壞，敦煌遺書轉移上海，秘藏在某外國銀行。直到全國解放，才運回北京。1987年後，敦煌遺書全部移藏新館。庫房恒溫恒濕，條件很好。只是遺書數量很多，而存放敦煌遺書的特藏庫空間狹窄；原來的用以存放敦煌遺書的箱子也不夠用，只好放在各種鐵櫃、木箱乃至自製的紙盒中。2004年在國家財政的大力支持下，特辟寬敞的敦煌遺書特藏庫，定制專用木盒與書櫃。較大的寫卷，一卷一盒，放在書櫃的特定架位上，徹底改變了前此幾十號敦煌遺書同放一個抽屜，相互擠壓的情況。使中國國家圖書館敦煌遺書的收藏環境成爲世界一流。
敦煌在中國，敦煌學在世界。敦煌莫高窟的藝術品及藏經洞所出古代文獻是全人類珍貴的文化遺産。近百年來，收藏敦煌文獻文物的各圖書館、博物館和研究機構，爲保護這一遺産做出了不懈的努力，各國專家學者也爲敦煌學研究的發展做了積極的貢獻。尤其是80年代以來，隨著交流的不斷增進、合作的日益加強與資料的逐漸暢通，人們獲得敦煌資料的條件大大地改善了，世界敦煌學研究呈現出欣欣向榮的局面。然而不容忽視的是隨著國內外敦煌寫卷的相繼公佈，以及敦煌學研究的深入發展，學者們希望充分利用敦煌文獻的要求越來越強烈，但是目前敦煌學研究中還存在以下三個問題。
第一個，收集整理資料是作任何研究工作的基礎和起點，敦煌研究也不例外。由於敦煌文獻分藏世界各地，一般學者很難全部看到，這使得研究工作受到很大的局限，難免不深入，或者留下遺憾。這在以前的敦煌研究中比比皆是。敦煌學界形象地比喻爲“挖寶”式地研究，就是看到一個寫卷就研究一個寫卷，而不是在作系統的研究。所以它的研究是受材料的公佈的限制，材料是一切研究的基礎。
第二，研究所借助的縮微膠捲，限於當時拍攝的技術條件，許多寫卷影像不清。而且，由於沒有敦煌學專家的指導，拍攝的膠片上漏掉了許多重要資料。而根據膠捲印成的《敦煌寶藏》所含的資料內容還不及膠捲，無法滿足學者研究的需要。這尤以法藏最爲突出。近年四川人民出版社、上海古籍出版社、北京圖書館出版社等陸續推出的《英藏敦煌文獻（非佛經部分）》、《俄藏敦煌文獻》、《法藏敦煌西域文獻》、《國家圖書館藏敦煌遺書》等雖然印製精良、圖版清晰，然而價格高昂，不是一般學者所能問津的。
第三，這些記錄人類文明的寫卷是世界文化的遺産，它們需要永久的保存與保護，爲避免原件受損，應儘量減少流通，這就造成了研究與保存保護之間的矛盾。爲了解決這些問題，更好地爲學界服務，中國國家圖書館一直考慮如何使用更先進的手段保存保護敦煌文獻，並且不影響爲讀者提供服務。當然據我們瞭解，這三個問題也普遍存在于敦煌文獻的收藏單位。
隨著時代發展，海內外學術界越來越認識到，將散落的敦煌文獻珠聯璧合，將是世界學術史上的一件盛事，也是人類文明史上的一件大事。因此，敦煌學國際合作呼之而出。 1993年，中國國家圖書館、英國國家圖書館、新德里國立博物館、法國國家圖書館、俄羅斯科學院東方學研究所聖彼得堡分所、柏林國家圖書館倡議成立國際敦煌項目。英國國家圖書館魏泓博士高瞻遠矚，獨具慧眼，在次年便在英國國家圖書館書館設立專門機構——國際敦煌項目（IDP），現在已經成爲英國國家圖書館的一個重要的部門。
國際敦煌項目的成立爲世界敦煌文獻收藏機構構建了一個合作交流的平臺，共商解決保護、編目的問題。各收藏機構還倡議共同建立一個完整的網上數據庫，目錄資料與高質量的數字化圖像相鏈結，並附有其他相關資料，使各國學者能充分利用藏品。1994年開始在專門設計的國際敦煌項目數據庫中錄入文獻資料，1997年開始寫卷數字化。1998年10月數據庫上網。
1997年，中國國家圖書館即開始與英國國家圖書館磋商合作開展國際敦煌項目。經過反復商討，最後經文化部審批，2001年3月7日中英雙方簽訂了合作諒解備忘錄，開始了中國國家圖書館與英國國家圖書館爲期五年的IDP項目合作。項目在2005年已經到期，現在已達成協定，延長至2010年。這個項目的目的就是通過數字化、網絡化技術將敦煌文獻的編目資料和寫卷圖像按統一的標準和格式整合成數據庫，放在互聯網上，無償地供研究人員使用。值得注意的是，對於合作數據庫的版權，備忘錄做了明確規定：各館所做的圖像和資料的版權歸製作者所有；任何一方不得修改和刪除對方資料；中英雙方和第三方可以存取圖像，但不得複製，也不得用於其他目的。
爲使學者們可以看到與原卷一樣逼真的圖像，項目使用了專門設計的4D數據庫，用精密的數碼掃描設備將敦煌寫卷製成一幅幅高清晰度的圖像。圖像將展示寫卷的全部內容——正面、背面，甚至沒有文字的地方，它比實際尺寸要大，圖像的清晰度與看原卷沒有區別。學者可以從任何地點、在任何時間通過網路檢索到高質量的彩色圖像。圖像放大之後，還可以觀察到過去用普通放大鏡不易觀察到的字的細部、墨的層次、紙張的纖維等。學者查閱敦煌文獻既不必再有舟車勞頓之苦，也無需接觸珍貴又容易損壞的原卷，在一定的程度上解決了保護與研究的矛盾。
經過兩館的共同努力，2002年11月11日國際敦煌項目中文網站在中國國家圖書館正式開通（加圖片），網址：http://idp.nlc.gov.cn，目前上網書目資料10773條，寫卷500餘件，圖片6000多拍，學者檔案資料400餘條，近年還製作了敦煌文獻研究索引近7萬條，暫時沒有上網。
中國國家圖書館國際敦煌項目的最終目標是將中國國家圖書館所藏的寫卷全部數字化，放在網絡上讓全世界的學者自由讀取，以促進學術研究的發展。合作以來，中英雙方本著求同存異的原則，發揮各自所長，相互支持，相互配合，取得了令人矚目的成果，引起了國際上的廣泛關注。
敦煌文獻是人類珍貴的文化遺産，如何保護好這份遺産是學界關注的熱點，也是圖書館員艱巨的責任。用先進的技術無損傷地揭示人類文明史中最古老的紙本文獻，這項工作是極具挑戰性和創造性的。我們將與英國圖書館專家真誠合作，迎接挑戰。